Le CIR devait ralentir. En apparence, il ralentit à peine. C’est le paradoxe que met en lumière la Cour des comptes dans son analyse de l’exécution budgétaire 2025 de la mission Recherche et enseignement supérieur (MIRES): malgré les premières mesures de rationalisation votées en loi de finances pour 2025, le crédit d’impôt recherche continue de progresser, porté par un mécanisme d’étalement qui dilue ses propres effets de freinage sur plusieurs exercices.
Ce rapport ne se limite pas à un exercice de constatation comptable. Il dessine une trajectoire pour les prochaines lois de finances et pointe, dispositif par dispositif, les zones de tension entre soutenabilité budgétaire et efficacité économique du soutien public à la R&D et à l’innovation.
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Un rapport centré sur la soutenabilité des dépenses fiscales de la recherche
Dans son rapport annuel sur l’exécution et les résultats du budget de l’État en 2025, la Cour des comptes consacre une note d’analyse spécifique à la MIRES. Elle y examine en détail les dépenses fiscales rattachées à cette mission, qui dépassent désormais 9 Md€. Trois dispositifs concentrent l’attention de la Cour : le CIR, dont le poids budgétaire ne cesse de croître, le CICo, dont l’usage reste marginal au regard de son ambition initiale, et le régime JEI/JEC, confronté à la fois à une anomalie de gestion et à un durcissement de ses critères d’accès.
Le message d’ensemble est cohérent : les pouvoirs publics veulent désormais évaluer, cibler et border ces dispositifs plutôt que les laisser croître sans contrôle, dans un contexte budgétaire qui ne laisse plus de marge pour des dépenses fiscales insuffisamment pilotées.
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Le CIR reste, de très loin, le premier postede la MIRES
À lui seul, le CIR représente 8,07 Md€ en 2025, soit 89,4 % du coût total des dépenses fiscales rattachées à la MIRES. Ce taux de concentration a fortement progressé dans le temps : il n’était que de 74,2 % en 2013. La Cour souligne qu’elle alerte sur cette dynamique depuis plus de dix ans, sans que la trajectoire ne s’infléchisse durablement.
Entre 2024 et 2025, le coût du dispositif a progressé de 268 M€. Cette hausse ne traduit pas nécessairement une accélération équivalente des dépenses de R&D des entreprises : elle s’explique en grande partie par la mécanique propre de consommation de la créance CIR.
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Un mécanisme d’étalement qui produit un puissant effet d’inertie budgétaire
Le CIR n’est pas consommé en une seule fois. Une créance générée une année donnée s’impute ou se rembourse selon un calendrier étalé sur plusieurs exercices : environ peut s’imputer sur l’année suivant sa génération, jusqu’à 3 années avant d’obtenir un remboursement de la créance restante.
Cette architecture a une conséquence directe et souvent sous-estimée : même en cas de ralentissement des nouvelles créances, la dépense budgétaire continue de croître pendant plusieurs années, par le simple effet du rattrapage des créances des exercices précédents. Pour une direction financière, comprendre ce mécanisme est essentiel : le coût affiché d’une réforme du CIR ne se lit jamais sur un seul exercice.
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Les mesures de rationalisation issues de la loi de finances 2025 ne produiront leurs pleins effets qu’à partir de 2026
Dans le prolongement de la revue de dépenses de l’Inspection générale des finances 2024 et du rapport de la Cour des comptes sur les politiques industrielles 2024, l’article 55 de la loi de finances pour 2025 a resserré l’assiette du CIR sur trois points :
- exclusion des frais liés aux brevets et aux certificats d’obtention végétale, ainsi que des dotations aux amortissements associées et des dépenses de veille technologique ;
- abaissement du taux forfaitaire couvrant les dépenses de fonctionnement, de 43 % à 40 % ;
- suppression du doublement des dépenses de personnel au titre du dispositif « jeunes docteurs ».
Ces mesures, applicables aux dépenses exposées à compter du 15 février 2025, sont estimées par le gouvernement à 440 M€ d’économies annuelles. Mais la Cour rappelle qu’elles ne s’appliquent qu’aux créances générées à partir de 2025 : compte tenu du calendrier d’imputation décrit plus haut, leur effet sur les remboursements effectifs ne devient significatif qu’à partir de 2026. La prévision de coût du CIR pour 2026 s’établit ainsi à 8 041 M€, en très léger recul par rapport à 2025. Il s’agirait de la première baisse anticipée du dispositif depuis de nombreuses années, ce qui n’empêche pas la Cour d’inviter à la prudence sur l’ampleur réelle de cette inflexion.
Ce que cela signifie pour vos projets : le rabot 2025 touche directement l’assiette de dépenses éligibles (brevets, veille technologique, forfait de fonctionnement, jeunes docteurs). Une entreprise qui construisait son dossier CIR sur ces catégories doit revoir sa projection de créance dès l’exercice 2025, et non attendre la déclaration en N+1 pour en mesurer l’impact.
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Une nouvelle évaluation du CIR se prépare, avec des enjeux directs pour le PLF 2027
Point notable du rapport : la Cour des comptes annonce conduire elle-même une nouvelle évaluation du CIR, destinée à actualiser ses travaux antérieurs sur l’efficacité économique, le ciblage et le coût budgétaire du dispositif. Ses conclusions sont susceptibles d’alimenter les arbitrages du projet de loi de finances pour 2027 (en dépit de l’approche de l’échéance électorale qui, en général, n’entrainait que de rare prise de décision structurante auparavant).
Cette annonce s’inscrit dans un climat parlementaire déjà orienté vers la remise en cause du dispositif. Dans un rapport sur le projet de loi relative aux résultats de la gestion et portant approbation des comptes de l’année 2025, il est relevé que le CIR demeure la dépense fiscale unitaire la plus coûteuse de l’État, tout en jugeant son effet sur les dépenses privées de R&D mitigé, et appelle à une réforme visant à en réduire le coût. Ces constatations et recommandations convergent avec le rapport de l’OCDE présenté dans notre article du METTRE LA DATE DE PUBLICATION/LE LIEN DE L’ARTICLE
Pour les entreprises innovantes, ce point mérite une vigilance particulière. Le CIR n’a pas connu de réforme structurelle majeure depuis 2008 ; la conjonction d’une évaluation Cour des comptes, d’une position parlementaire critique et d’un contexte budgétaire contraint crée les conditions d’un débat de fond à l’approche du PLF 2027. Anticiper un possible resserrement supplémentaire de l’assiette ou des taux devient un exercice de pilotage à part entière, pas seulement un sujet de veille réglementaire.
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Le CICo : un dispositif prorogé mais toujours très peu mobilisé
Institué par la loi de finances pour 2022 pour compenser la suppression du doublement d’assiette CIR applicable à la sous-traitance publique de R&D, le CICo ouvre droit à un crédit d’impôt de 50 % des dépenses éligibles pour les PME et de 40 % pour les ETI et grandes entreprises, dans la limite de 6 M€ de dépenses déclarées par an.
Malgré cette ambition, son coût reste estimé à seulement 13 M€ en 2025, très loin des 255 M€ que représentait le mécanisme de doublement d’assiette qu’il a vocation à remplacer. La Cour identifie plusieurs facteurs à ce faible recours : un ralentissement du nombre de nouveaux contrats de collaboration de recherche, mais aussi des arbitrages internes des entreprises entre CICo et CIR. Elle relève par ailleurs que certaines créances initialement comptabilisées au titre du CICo ont été reventilées vers le CIR par la l’administration fiscale, ce qui contribue mécaniquement à la hausse observée du coût de ce dernier.
Pour Finovup, ce constat confirme un point structurant du séquençage des financements non dilutifs : un dispositif juridiquement disponible n’est pas automatiquement mobilisé, faute d’arbitrage clair entre instruments concurrents. Le choix entre CICo et doublement implicite via le CIR mérite d’être objectivé projet par projet, en fonction de la nature du partenariat de recherche et du profil de l’entreprise, plutôt que traité par défaut.
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JEI/JEC : une double remise en question, budgétaire et réglementaire
Le régime des jeunes entreprises innovantes et des jeunes entreprises de croissance concentre deux difficultés distinctes.
Une anomalie budgétaire. Les crédits destinés à compenser les exonérations de cotisations sociales n’ont pas été inscrits en loi de finances pour 2025. Cette absence de budgétisation a empêché tout versement à l’URSSAF au cours de l’exercice et a généré une dette de l’État supplémentaire après prise en compte d’une créance préexistante. La loi de finances pour 2026 prévoit les crédits nécessaires pour les exonérations constatées à compter de 2026, mais le règlement de la dette accumulée en 2025 reste, à ce jour, non résolu.
Un durcissement des conditions d’accès. En parallèle, les critères applicables aux JEC ont été précisés, et le seuil minimal de dépenses de R&D pour bénéficier du statut de JEI a été relevé de 15 % à 20 % des charges fiscalement déductibles, dans le cadre de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2025. Le coût des exonérations sociales JEI/JEC est ainsi estimé à 261 M€ en 2025.
La Cour recommande explicitement d’évaluer l’utilité de ces exonérations sociales, afin de mieux cerner leur complémentarité avec les autres dispositifs de soutien à l’innovation, notamment le CIR et les mesures déployées dans le cadre de France 2030.
Ce que cela implique concrètement : le relèvement du seuil à 20 % exclut mécaniquement des entreprises qui étaient éligibles sous l’ancien seuil de 15 %. Pour une jeune entreprise dont l’intensité de R&D se situe entre ces deux bornes, la vérification de l’éligibilité JEI ne peut plus être présumée : elle doit être recalculée à chaque clôture d’exercice, en tenant compte des catégories de dépenses définies par renvoi au CIR.
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Ce que cela change pour votre stratégie de financement
Au-delà des chiffres, ce rapport confirme une tendance de fond que Finovup observe depuis plusieurs exercices : l’ère du financement fiscal automatique et non questionné touche à sa fin. Trois implications directes pour les entreprises innovantes :
- Le CIR reste incontournable, mais il est sous surveillance renforcée. La probabilité d’une nouvelle réforme d’ici le PLF 2027 doit être intégrée dans toute projection de trésorerie à moyen terme fondée sur la créance CIR.
- Les dispositifs alternatifs au CIR restent sous-exploités. Le très faible recours au CICo montre qu’un dispositif existant et budgétairement disponible n’est pas nécessairement activé de façon optimale par les entreprises, souvent faute d’arbitrage documenté entre instruments.
- Le statut JEI/JEC exige désormais une vérification active, pas une hypothèse acquise. Le relèvement du seuil de R&D et les incertitudes de financement de la compensation URSSAF rendent la stabilité du statut moins automatique qu’auparavant.
Dans un contexte où les critères se resserrent et où les évaluations se multiplient, la capacité à documenter, anticiper et arbitrer entre dispositifs devient elle-même un facteur de sécurisation financière. C’est précisément le rôle que Finovup entend jouer aux côtés de ses clients : transformer une actualité réglementaire en décision de pilotage.
